L'intégralité de l'Eredivisie hollandaise et de la Ligue 1 française seront maintenant représentées .

De même, des clubs essentiels tels que le FC Barcelone, le Real de Madrid, l'Inter de Milan, le FC Porto, Liverpool et Manchester United seront disponibles. Parmi les nouveaux arrivants, on découvrira aussi, entre autres, le Zenit de St. Petersbourg et Brondby IF.

De plus, Konami élargit la gamme des sélections nationales proposées au sein de PES 2009, avec par exemple l'Irlande du Nord.

Enfin, Konami vient d'inclure dans son jeu quelques nouveaux stades avec les reproductions fidèles du Stade de France et du Stadio Olimpico de Turin ainsi que du nouveau stade de Wembley, ce qui est une première.